神社における普通の参拝は、神社の前に進み、お賽銭を上げて拝礼をすればよいのですが、特別なご祈願や、社殿に上がって参拝する場合（昇殿参拝）には、神社に申込みをする必要があります。
神社に着きましたら、まず社務所（神社の事務所）または授与所（お神札やお守りを授与する所）に初穂料を差し出し、所定の用紙などに住所、氏名、ご祈願の内容（願い事）を書いて参拝の申込みをしましょう。申込み受付を済ませると、神職または巫女が社殿にご案内します。ほどなくして、ご祈願のお祭りが始まります。
元来、神社では国家の安全や風雨順時、五穀豊穣など、公共性の強い祈願を行っていました。一方現在のような個人のために行う個人祈願は、平安中期頃の陰陽師による陰陽祓の活動によって始められたと考えられます。これが神道信仰のなかに入ってくるのは平安後期頃のことで、御祈祷師の活動によるとされています。それ以来、個人祈願は歴史的に様々な変遷を見せながら、現在のように神社の神職によるご祈願が一般的な形になっています。その内容は合格、安産、病気平癒、商売繁盛、寿命長遠、子孫繁栄など多種多様です。